追記

　元IDでの動作にもトライしていたところ、一応、動くようになりました。
エクスプローラもコンパネも、相当時間をかけて開いた後は、今までどおりにさくさく動いています。
Documents and Settings下のファイルでもやられてて、作り直したとかなんでしょうか？
やっぱり、チェックディスクは必要そうですね。